面巾紙和衛生紙在品質上主要區別在于：面巾紙一般具有濕韌強度（一種代表紙張在完全潤濕狀態下的韌性指標）。衛生紙則一般不允許具有濕韌性，以防止在使用后紙張不易分解而堵塞衛生化糞池。
衛生紙主要針對在衛生間如廁后清潔使用，而其他用來清潔臉、手等人體部位均使用面巾紙，故較重視觸感。面巾紙的產品標準是GB/T20808—2006《紙巾紙（含濕巾）》，是參考食品標準建立的；而衛生紙的產品標準是GB20810—2006《衛生紙（含衛生紙原紙）》。兩者衛生標準均可依據GB15979《一次性使用衛生用品衛生標準》。
　　一般消費者會對衛生紙和面紙分不清，通俗一點講吧，盒裝面紙、手帕紙、餐巾紙、抽取式塑料包裝面紙(是最容易搞混的)是面紙、卷筒紙、抽取式衛生紙、大卷紙之類的是衛生紙。。最簡單的辨別方法就是看包裝反面的衛生標準號或者看標注，現在國家新規定，衛生紙一定要標注“廁所用紙”，幾乎所有大廠都標得很小，要仔細看，如果沒有，就可以參考衛生標準號。至于衛生的問題，除了面紙可以擦嘴，其他最好都不建議擦嘴，包括賓館里的擦手紙。好的面巾紙應該衛生、柔韌、不易掉屑。衛生的話，需要用專門儀器測試，一般名牌的衛生標準相對高些。掉屑厲害與否可以通過目測。柔韌性體現在紙巾能有一定程度的拉伸而不破裂。
衛生紙，一般都是家庭用的，放在廁所用。而餐巾紙是專門用來清潔面部的，柔軟親膚，衛生要求最高，用來擦嘴、擦臉更安全。餐巾紙直接接觸面部，對衛生要求十分嚴格，國家規定每克面巾紙含菌量必須低。而衛生紙的要求就相對寬松，每克衛生紙含菌量只要不超過國家標準就行。